自身免疫性疾病（autoimmune diseases）是指机体对自身抗原发生免疫反应而导致自身组织损害所引起的疾病。
    在正常人体内，免疫活性细胞可以识别自身的细胞和外来物质，并且对外来物质进行排斥反应，但当免疫活性细胞发生突变后，即丧失了识别自身细胞和外来物质的能力，并把自身细胞误认为外来物质加以排斥，使人体的正常组织被自身的免疫细胞所破坏，由于抗原并非外来物质，而是存在于自己的身体内部，所以称之为自身免疫性疾病，自身免疫性疾病可分为二大类：
    1.器官特异性自身免疫病
　　组织器官的病理损害和功能障碍仅限于抗体或致敏淋巴细胞所针对的某一器官。主要有慢性淋巴性甲状腺炎、甲状腺功能亢进、胰岛素依赖型糖尿病、重症肌无力、慢性溃疡性结肠炎、恶性贫血伴慢性萎缩性胃炎、肺出血肾炎综合征、寻常天皰疮、类天皰疮、原发性胆汁性肝硬变、多发性脑脊髓硬化症、急性特发性多神经炎等。
    2.系统性自身免疫病
　　由于抗原抗体复合物广泛沉积于血管壁等原因导致全身多器官损害，称系统性自身免疫病，又称为胶原病或结缔组织病，这是由于免疫损伤导致血管壁及间质的纤维素样坏死性炎症及随后产生多器官的胶原纤维增生所致。常见的系统性自身免疫病有系统性红斑狼疮、口眼干燥综合征、类风湿性关节炎、硬皮病、结节性多动脉炎等。

　　胰岛素依赖型糖尿病(insulin dependent diabetes mellitus)
又称I型糖尿病或青少年糖尿病，这是因为它常常在35岁以前发病，占糖尿病的10%以下。I型糖尿病是依赖胰岛素治疗的，即患者从发病开始就需使用胰岛素治疗，并且终身使用。因为I型糖尿病患者体内胰腺产生胰岛素的细胞已经彻底损坏，从而完全失去了产生胰岛素的功能。在体内胰岛素绝对缺乏的情况下，就会引起血糖水平持续升高，出现糖尿病。
　　最近细胞移植和组织工程的研究进展, 使得糖尿病的细胞替代治疗成为可能,即通过胰岛素产生细胞的移植治疗Ⅰ型糖尿病和某些Ⅱ型糖尿病. 但是由于供体细胞缺乏的限制,使得糖尿病的细胞治疗难以广泛开展. 胰腺干细胞将成为胰岛素产生细胞的潜在来源. 
　　科学家成功培养胰岛β细胞为糖尿病患者提供了新的希望。目前以色列特拉维夫大学医学系的Shimon Efrat教授的研究小组在β细胞增殖研究领域处于世界领先水平。他们已经在实验室成功培养出能够制造胰岛素的β细胞。将有可能把这些新的健康细胞移植到一型糖尿病患者体内并发挥作用。

　　白癜风（vitiligo）
    白癜风是一种常见的获得性色素脱失性皮肤粘膜病，发病率为0.5%-2%，多见于青少年。临床表现为皮肤出现局部色素脱失，产生白斑，然后逐渐扩大蔓延。人体皮肤由表皮、真皮及皮下组织与附属器组成，其中，表皮又分为 5层，即由深层到皮表分别为基底层、棘细胞层、颗粒层、透明层与角质层。这5层系由两种细胞构成，即角朊细胞与树枝状细胞。树枝状细胞位于表皮的最底层基底层。树枝状细胞有三种，其中之一是黑色素细胞。黑色素细胞能利用酪氨酸，在酪氨酸酶的作用下合成黑色素。白癜风是由于皮肤和毛囊内的黑色素细胞内酪氨酸酶活性减低或消失，导致黑素颗粒生成的进行性减少或消失而引起的局限性或泛发性脱色素性病变。
　　复旦大学医学院附属华山医院将体外培养的黑色素细胞通过注射方式应用于临床治疗白癜风，结果显示黑色素细胞同种异体移植治疗白癜风有显著疗效。据报道，黑色素细胞移植对稳定期节段型白癜风患者疗效最好，治愈率能够达到95％；其次是局限型；稳定期泛发型白癜风治愈率可达48％。自体表皮移植治疗是目前黑色素细胞移植治疗中比较成熟和实用的方法，对稳定期局限型和节段型白癜风的治愈率达90%左右，白斑总复色率达82％-91％。

　　硬皮病（scleroderma）
    硬皮病是一种局限性或弥漫性的皮肤增厚、纤维化为特征，可累及心、肺、肾、消化道等多个系统的自身免疫性疾病。目前对系统性硬皮病的发病机理尚未真正搞清楚。有人认为是原发性结缔组织异常增生伴有纤维母细胞异常增殖所致，但多数人认为是免疫紊乱引起的。目前治疗方法西医有激素、青霉胺、甲氨喋呤等慢作用药、对症治疗药物，疗效慢，副作用多。河北省石家庄平安医院风湿科利用骨髓间充质干细胞的多向分化潜能特性及自体移植对免疫排斥反应的豁免,行骨髓间充质干细胞移植治疗硬皮病32例,其中系统性硬皮病19例，局限性硬皮病13例，取得了满意的疗效，且副作用低。

　　系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)
　　系统性红斑狼疮（SLE）是一种累及全身多个系统和器官的自身免疫性炎症性结缔组织病，多发生于20-40岁青年女性，女性约为男性的5-10倍。系统性红斑狼疮在治疗上还没有取得突破。
　　目前，T淋巴细胞疫苗对系统性红斑狼疮的免疫治疗获得初步成效。T细胞疫苗治疗是从患者的血液中分离出致病性T细胞，在体外培养形成T细胞克隆后，用γ射线照射，然后经皮下注射对患者进行治疗。此项治疗的安全性和近期有效性方面均较理想，且一般无广泛免疫抑制的副作用，其作用机制可能与注射后引起体内自身反应性T淋巴细胞清除等相关。与干细胞移植相比，T细胞疫苗在特异性、风险和费用方面更具优势。患者在治疗后，临床症状和检验指标均有不同程度改善，系统性红斑狼疮病情活动指数也得以下降。

    1995年欧洲风湿病学联盟及血和骨髓移植联络组已正式成立，1996年制订了世界性临床研究方案即用HSCT治疗自身免疫病。至2003年5月全世界报告有106例SLE行HSCT治疗，达到了较好的疗效。SLE病情缓解，抗体滴度下降，病情处于长期缓解。